Действие игры «S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти» разворачивается после событий, изложенных в игре «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля». После того, как проход к центру Зоны оказался открыт, правительство решает провести крупномасштабную военную операцию, под кодовым названием «Фарватер». Целью операции является взятие ЧАЭС под контроль военных. Первая группа военных была направлена для воздушной разведки территории и составления детальных планов расположения аномальных полей. Это должно было позволить впоследствии продвигаться по безопасным маршрутам основным группам военных.

Однако план проваливается - большинство вертолётов разведки оказывается уничтожено. Для того, чтобы узнать причину такого фиаско, Служба Безопасности Украины направляет своего агента Александра Дегтярева в центр Зоны. Первостепенной задачей Дегтярева является поиск пяти пропавших вертолётов, в каждом из которых содержится часть некой важной информации. В игре будут присутствовать три группировки — «Долг», «Свобода», «Бандиты». Присоединяться к какой-либо группировке невозможно, однако возможно сотрудничать или враждовать с ними.

2012 год. Шесть лет прошло с момента Второй катастрофы, затмившей события апреля 1986 года. Действие игры происходит в Чернобыльской зоне отчуждения, превратившейся из места, где ломались судьбы, в угрозу всему человечеству. Свои тайны Зона раскрывает неохотно, через силу, и редкий герой сможет добраться до самого ее сердца и узнать – какая опасность поджидает его там?
Опасность, по сравнению с которой мародеры и вражеские группировки, все монстры и аномалии Зоны покажутся лишь подготовкой к встрече с чем-то более фатальным и пугающим.
А пока... Готовься, герой. Собирай артефакты и торгуй, прощупывай дорогу и проверяй тылы, хватай рентгены и сражайся – но только выживи! И тогда, быть может, если будешь настойчив и особо везуч, ты узнаешь – почему все это свалилось на тебя.

Группа сталкеров впервые подобралась к самому сердцу Зоны - Чернобыльской АЭС, спровоцировав катаклизм, который едва не привел к катастрофе. Грандиозный Выброс аномальной энергии изменяет Зону. Проверенных и относительно безопасных дорог больше нет. Целые уровни пропадают в сполохах аномалий. Сталкеры и даже экспедиции гибнут или оказываются запертыми на пропавших территориях. Новые территории, о которых ничего не было известно со времени появления Зоны, появляются на карте Зоны. Зону продолжают сотрясать выбросы. Зона нестабильна. Аномальная активность максимальна.

Изменения известной сталкерам карты Зоны нарушает хрупкий баланс сил в Зоне. Между группировками разгорается вражда за новые территории, поля артефактов и сферы влияния. Больше нет старых врагов или друзей - теперь каждый сам за себя. Между фракциями началась Война Группировок. Главный герой - наемник, волей судьбы оказавшийся на самом острие противостояния между фракциями сталкеров, Стрелком и даже самой Зоной. Главному герою предстоит сыграть основную роль в событиях, которые привели историю Зоны к той точке, с которой начинается оригинальная игра S.T.A.L.K.E.R.

Что ждет сталкеров в открывшихся глубинах Зоны? Какие новые опасности таятся на новых территориях? Почему выбросы сотрясают Зону? Почему изменилась Зона? Как устранить ее нестабильность? Какая фракция одержит верх в противостоянии группировок? Почему Стрелок попал в грузовик смерти? Что произошло со Стрелком до этого? Был ли другой выбор? На эти и многие другие вопросы Вы найдете ответ в официальном приквеле "S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо".